> 大和国宇陀郡榛原より墨坂神を遷祀したものという。

元社が式内社ではなく、勧請社が式内社、珍しい場合です。
ほかにこのようなケースはあるのかな。または元社が元社でないのかも。

> 元社が式内社ではなく、勧請社が式内社、珍しい場合です。

たしかに。
ニッポン放送とフジテレビのような感じですね。

延喜の頃には、さほどの社ではなかったのかもしれません。
あるいは、式に記載されない理由があったのでしょうか。

市内もう少し北の市街地中心部に同名の「墨坂神社」（通称・芝宮）があります。
市民としてはそちらの方がよく知られています。
両者間には神社名の問題で争いがあるような話を聞いたことがあります。

　ちょっと話がズレてしまうのですが…本家（？）の奈良の墨坂神社に関して、
ホラー作家の加門七海氏が「怪談徒然草」（角川ホラー文庫）の中で触れていたことを思い出しました。
　ここを訪ねたときに、以前と拝殿などの配列が違っていて…そこにいた老人から話を聞くと、拝殿の位置を変えることに最後まで反対したその老人以外の九人の氏子の方々が、ことごとく不幸な目にあったり、亡くなったりしたとか何とか…。
　著書の中で明確に名が記されていた訳ではありませんが、

　　　或夜御夢に神人が現れて「赤盾八枚、赤矛八竿をもって、
　　　墨坂の神を祀り、黒盾八枚、黒矛八竿をもって大阪の神を
　　　祀れ」告げた

　という神社の由来を引用されていたから、墨坂神社のことだと思います。